يعكس الهيكل التنظيمي لأكاديمية الدراسات العليا لطب الأسنان في ليبيا المهام والمسؤوليات المختلفة التي تضطلع بها الأكاديمية
 في مجال الدراسات العليا لطب الأسنان. ويتكون الهيكل التنظيمي من الأقسام والمكاتب والوحدات التالية توجد علاقات وثيقة بين
 مكونات الهيكل التنظيمي، حيث يعمل كل مكون على تحقيق أهداف الأكاديمية. ويساعد الهيكل التنظيمي على تنظيم العمل
وتحديد المسؤوليات وتوزيعها بشكل واضح، مما يساهم في تحقيق أهداف الأكاديمية بكفاءة وفعالية.